SMP Negeri 259 Jakarta didirikan pada tahun 1987 dan mulai digunakan setahun berikutnya. Letaknya yang strategis, tepatnya di Jalan Laksmana VIII Komplek Karyawan TMII Kel. Bambu Apus Kec. Cipayung Jakarta Timur atau berbatasan langsung dengan objek wisata Taman Mini Indonesia Indah di sebelah Barat dan akses angkutan umum di sebelah Timur, Selatan dan Utara menjadikan sekolah yang sering juga disebut Zhigonine oleh para siswanya ini sebagai sekolah dengan jumlah peminat terbanyak se-kecamatan. Hal ini terbukti dengan jumlah peminat pada tahun pelajaran 2010/2011 sebanyak 1.791 siswa baik dari DKI maupun Luar DKI dan hal itu terjadi dari tahun ke tahun.

Dengan jumlah tenaga pendidik sebanyak 69 guru profesional dengan tingkat relevansi mengajar mata pelajaran mencapai ± 80% secara tidak langsung akan mendorong peningkatan sikap profesionalisme dalam proses belajar mengajar. Dengan meningkatnya sikap profesionalisme diharapkan dapat meningkatkan pula hasil output kegiatan belajar mengajar. Bukan hanya itu, untuk mencapai keberhasilan visi dan misi yang telah dicanangkan diperlukan juga penambahan sarana dan prasarana sebagai media yang menunjang kelancaran proses KBM. Hal itulah yang saat ini ingin dilaksanakan oleh SMP Negeri 259 Jakarta bahkan sebagian telah dan sedang dilaksanakan, diantaranya : Pengadaan buku teks pelajaran untuk semua mata pelajaran, Pemasangan LCD Fokus dan layar di kelas, ruang media, dan laboratoium IPA ditambah dengan pembelian laptop yang bisa digunakan guru dalam penyampaian materi serta Pemasangan jaringan internet di laboratorium komputer yang dapat digunakaan siswa untuk mencari dan mendapatkan informasi yang berkenaan dengan tugas guru. Untuk penambahan sarana dan prasarana di luar kegiatan belajar mengajar adalah pemasangan gorden mekanik di ruang media, pengecatan taman sekolah, perluasan kolam ikan, dan pemasangan plang nama sekolah pada akses jalan menuju SMPN 259.

Perkembangan dan perbaikan yang dilakukan SMP Negeri 259 tidak lepas dari keterkaitan semua pihak yang peduli dan mau mendukung visi dan misi yang telah diprogramkan. Komite sekolah dan orang tua siswa sebagai salah satu unsur terpenting dalam pelaksanaan pendidikan, senantiasa memberikan saran dan kritik yang positif serta membangun. Kepala Sekolah, guru dan karyawan mengutamakan kepentingan pelayanan pendidikan kepada setiap peserta didik di atas kepentingan pribadi mereka. Semua itu mereka lakukan atas dasar hati nurani dan keikhlasan yang bermuara pada peningkatan mutu hasil proses pembelajaran.